เครื่องหมายมูลนิธิฟ้าประกายแสง คือ เลข ๑ มีประกายแสงแห่งธรรมและมีดอกบัวสัตตบงกชรองรับ มีอักษรสีทองเขียนชื่อมูลนิธิฟ้าประกายแสง

• เลข ๑ ในจุดศูนย์กลางของแสงฉัพพรรณรังสีนั้น มีความหมายคือ จุดเริ่มต้น,การเริ่มต้น จะกล่าวทางศาสนาเต๋านั้นได้เขียนในตำราไว้ว่า “ ๑ ให้กำเนิด ๒ ๒ ให้กำเนิด ๓ ๓ ให้กำเนิดสรรพสิ่ง “ ในความหมายนี้คือ ๑ ในศาสนาเต๋านั้นเป็นจุดต้นกำเนิดของสรรพสิ่ง การกำเนิดของ ๑ จึงจะมี ๒ และ ๓ เป็นต้นและการมีจุดเริ่มต้นนั้น ย่อมมีจุดปลายทางเสมอ ขอกล่าวในทางพระพุทธศาสนาได้มีจุดปลายทางที่สำคัญ คือ “นิพพาน” ปลายทางที่มีแค่ ๑ เดียวแน่นอน ย่อมไม่มีสิ่งใดเป็นที่สุดได้นอกจาก “นิพพาน” ดังนั้น เลข ๑ นี้จึงเป็นทั้งจุดกำเนิดของสรรพสิ่งและเป็นปลายทางที่เป็นที่สุดของสรรพสิ่งไม่มีสิ่งใดในเหนือกว่าเช่นกัน
• สีทองของตัวอักษรและตัวเลข นั้นให้ความหมายถึง ทอง ย่อมความแข็งแกร่งและจริงแท้มั่นคงไม่มีแปรเป็นสิ่งอื่นได้
• แสงฉัพพรรณรังสี คือ แสงแห่งธรรมที่แผ่ออกมาเป็นรัศมี จากพระวรกายขององค์สมเด็จสัมมาสัมพุทธเจ้า อันมีสีทองเป็นต้น
• ดอกบัวสัตตบงกช การบรรลุถึงธรรมอันสูงสุดขององค์สมเด็จสัมมาสัมพุทธเจ้า

ความหมายโดยรวมของตราสัญลักษณ์ “มูลนิธิฟ้าประกายแสง” คือ จุดเริ่มต้นของการกำเนิดสรรพสิ่งในทางศาสนาเต๋าจนถึงปลายทางอันเกษมในทางพระพุทธศาสนากล่าวคือพระนิพพาน ดั่งที่ได้อุปเท่ห์ไว้ในเบื้องต้นถึงตัวเลข ๑ ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ที่แสดงถึงการเข้าถึงธรรมอันสูงสุดและเป็นส่วนหนึ่งที่จะนำผู้ปฏิบัติธรรมให้เข้าถึงธรรมขององค์สมเด็จสัมมาสัมพุทธเจ้า เพื่อให้บรรลุตามวัตถุประสงค์ของมูลนิธิ